En 1914, alors qu’il n'est pas encore tout à fait terminé, les allemands l'occupent et réquisitionnent une partie des meubles et du matériel de l’autre Opéra lillois, le théâtre Sébastopol. C’est la raison pour laquelle les sièges sont actuellement rouges alors que le projet initial prévoyait des sièges bleus (couleur dominante du projet de Cordonnier, seule la rosace du plafond garde la trace de cette volonté).
En quatre années d'occupation, une centaine de représentations auront lieu. La fin de la guerre permet une restauration de l'opéra, qui ouvre ses portes de nouveau en 1923, pour sa "première française".
En 1998, l'inspection des conditions de sécurité du bâtiment oblige la municipalité à fermer l'Opéra dans l'urgence, alors que la saison est en cours. La remise en conformité s'accompagnera d'un projet plus ambitieux d'amélioration des conditions d'accueil du public et des hôtes artistiques. Le projet est alors confié aux architectes Patrice Neirinck et Pierre-Louis Carlier.
Fin 2003, la réouverture anticipe de quelques mois Lille 2004, Capitale européenne de la culture en 2004.
